Uuringud on kooskõlastanud Tartu Ülikooli inimuuringute eetika komitee.

 

Rahastatakse liidu COVID-19 pandeemiale reageerimise raames

 

Tartu Ülikooli meditsiiniteaduste valdkonna poolt korraldatud “Arstiteaduskonna aastapäev 2021” ettekanne (07.10.2021) “SARS‐CoV‐2 geneetilise mitmekesisuse kiired muutused Eestis”, loe lähemalt siit

KoroGeno-EST-1, uuringu periood 01.09.2020 – 01.12.2021

Miks uuringuid läbi viiakse?

Eesti SARS-CoV-2 nakkusi põhjustanud viiruste täisgenoomide analüüs on vajalik, et mõista seni Eestis puhanguid põhjustanud viiruste levikuteid, erinevate tüvede ja nakkus-klastrite seost haiguse kulu ning demograafiliste ja kliiniliste faktoritega.

Uuringud aitavad mõista, millised SARS-CoV-2 tüved Eestis ringlevad, kui paljudel juhtudel on need Eestisse uuesti sisse toodud ja kui palju on kohalikku levikut. Uuringute tulemusel saab selgeks, milliste tüvede puhangud või kolded on levinud ja levivad erinevates geograafilistes piirkondades ning elanikkonna gruppides.

Aktiivsete puhangute korral võimaldab nakkus-klastrite info kinnitada, täpsustada või ümber lükata, kas epidemioloogiliselt seotud isikud on nakkuse saanud samast või erinevatest allikatest. See on vajalik nii haiglate infektsioonikontrolli osakondadele kui ka Terviseametile efektiivseks SARS-CoV-2 epideemia ohjamiseks.

Kuidas uuringuid läbi viiakse?

Uuringute eesmärgiks on sekveneerida ja analüüsida kuni 1800 Eestis nakkusi põhjustanud ja põhjustavat SARS-CoV-2 täisgenoomi. Selleks:

• Järjestatakse kuni 1400 seni (kuni 1. september 2020) Eestis SARS-CoV-2 nakkusi põhjustanud viiruse täisgenoomi. Sellega luuakse andmebaas seni Eestis ringelnud SARS-CoV-2 genoomsetest järjestustest ning identifitseeritakse, millised tüved ja kui suurte nakkus-klastritena põhjustavad Eestsi SARS-CoV-2 epideemiat.
• Järjestatakse kuni 400 Eestis edaspidi (alates 1. september 2020) SARS-CoV-2 nakkusi põhjustanud viiruse täisgenoomi, mis on epidemioloogiliselt olulised aktiivsete nakkuskollete ulatuse määramiseks ning nakatunud lähikontaktsete sidumiseks konkreetsete kolletega.

Kõikidele saadud andmetele tehakse bioinformaatiline ja fülogeneetiline analüüs ning koostöös Terviseametiga kaasatakse analüüsi ka nakatunud isikute demograafilised, kliinilised ning nakkus-klastreid või puhanguid iseloomustanud andmed.

Kes kaasatakse uuringutesse? 

Uuringutesse isikuid eraldi ei kaasata. Uuringutes kasutatakse kuni 1400 SARS-CoV-2 positiivse testi tulemuse andnud ning veel umbes 400 alates 1. septembrist 2020 SARS-CoV-2 positiivse testi andva patsiendi testimisel ülejäänud bioloogilist materjali (RNA ülejääki).  RNA ülejäägid pärinevad SYNLAB Eesti ja Terviseameti laboritest.

Uuringute kulg

Fülogeneetiline puu 2020. aasta detsembri keskpaigaks järjestatud Eestis nakkusi põhjustavate SARS-CoV-2 viiruste täisgenoomidega

Fülogeneetilisest analüüsist selgub, et Eestis põhjustavad nakkusi väga erinevad SARS-CoV-2 isolaadid, mis on ilmselt riiki sisse toodud paljudel sõltumatutel juhtudel (joonisel märgitud erinevate värvidega või tumedamate piirkondadena sama värvi sees). Nagu näha on osade isolaatide levik jäänud piiratuks ning need on nakkusi põhjustanud ainult üksikjuhtudel. Teistel isolaatidel on õnnestunud suuremat hulka inimesi ning fülogeneetilisel analüüsil moodustavad nad identsete või väga sarnaste viiruste klastreid. Antud joonisel on näha ka kevadel kogutud proovidest järjestatud viiruste genotüübid (märgitud helerohelisega). Nende suhteline lähedus puujuurele viitab oluliselt lühemale ajale, mil neil oli võimalus evolutsioneeruda (alates SARS-CoV-2 viiruse sisenemisest inimpopulatsiooni enne 2019/2020 aasta vahetust). Andmete interpreteerimisel tuleb arvestada ka seda, et käesolev fülogeneetiline analüüs hõlmab suurusjärgus ainult kuni paar protsenti kogu Eestis ringlevatest ning ringelnud SARS-CoV-2 tüvedest.  /29.12.2020/

KoroGeno-EST-2, jätku-uuringu periood 01.01. – 30.04.2021

Uuringu taust 

„Eesti SARS-CoV-2 täisgenoomide järjestamine ja analüüs – KoroGeno-EST2“ on jätk uuringule KoroGenoEST-1.

Uuringu eesmärk

COVID-19 epideemia ohjamisel on võtmetähtsusega vaktsiinide efektiivsus. Hetkel laialdaselt kasutatud vaktsiinide efektiivsusele on esitanud tõsise väljakutse uute SARS-CoV-2 tüvede teke, millest ohtlikemaks peetakse hetkel UK (B.1.1.7), LAV (B.1.351), Brasiilia (P.1) ja India (B.1.617) tüvesid. KoroGeno-EST-2 projekti eesmärk on Eestis ajavahemikus 01.01.2021 – 30.04.2021 määrata üle 2500 SARS-CoV-2 täisgenoomse järjestuse ning viia neile läbi molekulaar-epidemioloogiline analüüs. Analüüsi käigus koostab Tartu Ülikool koostöös Terviseametiga iga nädalaselt representatiivse valimi erinevatest nakatunute populatsioonidest, sekveneerib nende viirused, analüüsib järjestused ning koostab raporti nii riigisiseseks kasutuseks kui ECDC-le esitamiseks. Viiruste molekulaar-epidemioloogilise analüüsi käigus leitakse nn. kiiremalt levivate või patogeensemate tüvede või seda põhjustavate mutatsioonide osakaalud erinevates uuringugruppides. Lisaks sellele võimaldavad viiruste järjestused TA-l läbi viia nakkuskollete analüüsi. Uuringu andmetele tuginedes on võimalik riigil saada ülevaade riigis ringlevatest ja sissetoodavatest SARS-CoV-2 tüvedest ja võtta seda arvesse otsuste tegemisel ning kergemini alla suruda uute nakkuskollete teket.

KoroGeno-EST-3, 01.05. – 31.12.2021

Uuringu on kooskõlastanud Tartu Ülikooli inimuuringute eetika komitee.

Detailsemaid tulemusi vaata Observable dashboardilt

Observable dashboardi selgitavat videot vaata siit

Sekveneerimise kokkuvõtte suuremalt vaatamiseks kliki pildil.

 

Meediakajastused 

Teadlased: kevadised koroonaviiruse tüved on Eestist kadunud

Genoomid osutavad: sügisese koroonalaine taga on välismaalt pärit viirused

Koroonadetektiive pole enam vaja? Tartu teadlased annavad lootust, et uusi koroonakoldeid hakatakse tulevikus tuvastama hoopis geneetiliselt

Kes kuuluvad uuringute meeskonda?

KoroGeno-EST-1/EST-2 uuringuid juhib Tartu Ülikooli bio- ja siirdemeditsiini instituudi mikrobioloogia osakonna kaasprofessor Radko Avi. Uuringute meeskonda kuuluvad teadlased Tartu Ülikooli kliinilise meditsiini instituudist, bio- ja siirdemeditsiini instituudist, tehnoloogiainstituudist, genoomika instituudist ja spetsialistid SYNLAB Eestist ning Terviseametist.

Radko Avi Tartu Ülikool	Aare Abroi Tartu Ülikool	Irja Lutsar Tartu Ülikool
Kristi Huik Tartu Ülikool	Katrin Kaarna Tartu Ülikool	Mats Hansen Terviseamet
Paul Naaber SYNLAB Eesti OÜ, Tartu Ülikool	Merit Pauskar Tartu Ülikool	Taavi Päll Tartu Ülikool
Lili Milani  Tartu Ülikool	Tuuli Reisberg Tartu Ülikool	Arina Shablinskaja Tartu Ülikool
Eveli Kallas Tartu Ülikool	Andrio Lahesaare SYNLAB Eesti OÜ	Ene-Ly Jõgeda Tartu Ülikool

Kai Truusalu Tartu Ülikool	Dagmar Hoidmets Tartu Ülikool